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Groupement Interrégional de Recherche Clinique et d'Innovation Grand Ouest

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LES outils interrégionaux

Descriptif des projets

 

L'interrégion Grand Ouest (co)finance des réseaux d'investigateurs et des réseaux de professionnels pour le développement d'outils structurants au service de tous les centres d'investigation de l'interrégion désireux de mener à bien un projet de recherche clinique.

Les fiches descriptives ci-après vous indiquent l'objet de chaque réseau et la personne à contacter pour initier une collaboration.

 

• R-CDC

Titre long : Réseau de Centres de Données Clinique

Finalité : Cet outil comporte deux volets:

  • Un volet organisationnel : Créer un réseau fédératif de Centre de Données Clinique – CDC (un CDC est une organisation intra hospitalière « guichet unique » qui exploite l’entrepôt de données biomédicales au sein d’un établissement et développe les bases de données dédiées à la recherche)
  • Un volet technique : Implanter un entrepôt biomédical par établissement

Depuis 2015, cet outil est devenu un réseau de surcompétence, plus d'information ici.

• PHYSIODEV

Titre long : Réseau et plateforme d'études en traitement du signal des rythmes physiologiques au cours du développement en inter-région grand-ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Rennes
Responsable : Pr Patrick PLADYS
Email : patrick.pladys@chu-rennes.fr
Animateur : Alfredo HERNANDEZ - Fabrice TUDORET
Financement : AO GIRCI 2011

Missions

Mise en œuvre d’un « Réseau et plateforme d’études en traitement du signal des rythmes physiologiques au cours du développement » - Créer des infrastructures nécessaires à des études multicentriques répondant aux contraintes de la recherche clinique - Créer une plateforme d'échange et une banque de données (signaux acquis, annotations, fichiers patients, protocoles) - Permettre une relecture centralisée (mise à disposition d'outils de visualisation, de filtrage et d'analyse en traitement du signal) - Créer une base de signaux tests pour le développement de nouveaux outils signal

Réalisations 2013 à 2015

– Le GIRCI a financé une étude de faisabilité du dispositif permettant de bien situer les besoins, les perspectives et les freins au développement. Le projet a été poursuivi au travers d’études en cours financées (PHRC, ANR….) ou sur fonds propres et la plateforme est maintenant fonctionnelle (avec plus d’un T0 de données stockées), elle servira notamment au développement du projet Européen Digi-NewB. Elle permet l’anonymisation, le cryptage, la transmission et le stockage sécurisé des données ainsi que quelques éléments de relecture et de re-traitement de signal. La structure reste dépendante de financement d’un temps d’ingénieur pour assurer la maintenance, la hotline et le développement.

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• CTAD-PEPI

Titre long : Centre de Traitement et d'Analyse de Données en Pharmaco-Epidémiologie
Établissement coordonateur : CHU Rennes
Responsable : Emmanuel OGER
Email : emmanuel.oger@univ-rennes1.fr

Financement : AO GIRCI 2011 et 2013

Missions

  • Aide méthodologique dans la conception du projet ayant recours au Système National d’Information Inter-Régime de l’Assurance Maladie (SNIIR-AM)
  • Soutien technique (infrastructure informatique)
  • Mise à disposition d'une expertise informatique, statistique, pharmacologique, pharmaceutique et pharmaco-épidémiologique dans le traitement et l'analyse des données du SNIIR-AM.

Réalisations 2013 à 2015

Aide à la conception et à la soumission de projets : 6 en 2014 ; 11 en 2015 ; succès à l’appel à candidatures « plateforme en pharmaco-épidémiologie » de l’ANSM en 2014 ; rapport COMBI-FIX (AAP ANSM 2012) pour l’ANSM en 2014 ; communication orale GENEPI (PHRC 2011) : EACPT 2014 et 2015 ; publication de GENEPI dans Pharmacoepidemiol Drug Safety en 2015.

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• PPRIGO

Nom : Plateforme de Production Pharmaceutique pour la Recherche Institutionnelle du Grand Ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Brest
Coordonateur : Virginie COGULET
Email : virginie.cogulet@chu-brest.fr
Animateur : Nadia FAYAD

Financement : AO GIRCI 2011 et 2015

Missions

PPRIGO est une organisation en réseau des pharmacies des CHU membres d’HUGO. Son périmètre d’activité concerne l’ensemble des prestations pharmaceutiques nécessaires dans une étude clinique : recherche et développement autour de la formulation des médicaments ; aide au montage des dossiers d'appels d'offres et d’autorisation (Comité de Protections des Personnes (CPP), ANSM…) ; production, contrôles, mise en insu, étiquetage et conditionnement des médicaments à l’étude ; distribution des unités de traitement dans les centres investigateurs et suivi des réapprovisionnements. PPRIGO est structuré autour d’un guichet unique (enregistre les demandes de production), d’un comité d’experts multidisciplinaires (évalue les demandes, garantie la qualité et la maîtrise de tous les aspects pharmaceutiques et méthodologiques et aide au montage des dossiers) et de centres de production et de contrôles répartis sur plusieurs sites.

Réalisations 2013 à 2015

La sollicitation de PPRIGO par les investigateurs et les DRCI a été progressive et croissante (4 dossiers la première année, 18 en 2014), signe que l'offre a libéré le besoin et que le réseau a su y répondre. L'ensemble des CHU de l'interrégion GO ainsi que le CHR d'Orléans ont sollicités PPRIGO.

Des sollicitations nationales sont également croissantes, signe du besoin et d'une reconnaissance. Le bilan de cette structure en deux ans est donc très positif : 40 dossiers expertisés, 2 productions terminées (essais clos et publications en cours), 6 productions sont encore en cours (par campagne sur plusieurs années), 11 dossiers ayant obtenu un financement et en attente d'autorisations (CPP, ANSM...).

Suite à une candidature à l’appel à projets GIRCI GO 2015 « Actions structurante pour l’interrégion Grand Ouest », l’outil nommé alors DOPPRIGO, recevra en 2016 un financement complémentaire.

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• e-PINUT

Titre long : Phénotypage standardisé de la dénutrition de l'enfant sur internet dans la région Grand-Ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Poitiers
Responsable : Régis HANKARD (Service de Pédiatrie multidisciplinaire)
Email : Regis.hankard@inserm.fr
Animateur : Arnaud DE LUCA
Email : arnaud.de.luca@univ-poitiers.fr

Financement : AO GIRCI 2011

Missions

Le but de ce projet était de mettre en place en région Grand Ouest un outil d'aide au diagnostic de la dénutrition chez l’enfant hospitalisé accessible par internet. Nous avons mis à disposition sur www.epinut.fr un formulaire informatique permettant de développer une démarche standardisée anonyme du diagnostic de la dénutrition.

Réalisations 2013 à 2015

Grâce à l’outil e-PINUT, nos enquêtes annuelles d’évaluation de l’état nutritionnel chez les enfants hospitalisés ont pu devenir un événement international de grande ampleur avec plus de 2000 patients inclus par an dans plus de 70 centres et 9 pays. Les trois-quarts des centres participants ont rapporté que l’enquête permet de sensibiliser les équipes et de promouvoir le dépistage de la dénutrition. Depuis sa création, nous avons enregistré environ 21 500 visites de 15 000 patients, permettant de mieux décrire les enfants hospitalisés dénutris. e-PINUT a permis de former des étudiants par et à la recherche : 1 Thèse d’Université, 1 M2R, 2 M1, 1 DESC, 3 DES, 2 Thèses de Médecine, 3 DIU. e-PINUT a donné lieu à 2 publications (de Luca et al., Arch Pediatr ; Sissaoui et al., e-SPEN), une 3ème est soumise.

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EPINUT (www.epinut.fr)
Comité d'interface Inserm (cliquez ici)

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• HUGO-CNV 2.0 (ex UP-CNV)

Titre long : Plateforme Génome UP – Université de Poitiers - Copy Number Variations
Établissement coordonnateur : CHU de Poitiers
Coordonateur : Dr Frédéric BILAN, Pr Alain KITZIS (Laboratoire de Génétique Cellulaire et Moléculaire)
Email : frederic.bilan@univ-poitiers.fr
a.kitzis@chu-poitiers.fr

Financement : AO GIRCI 2011

Missions

La mission principale d’HUGO-CNV est le partage au sein du Grand Ouest d’une banque de données répertoriant les CNV (copy Number Variations) isolés par Analyse Chromosomique sur Puce à ADN chez les patients atteints de retard mental et/ou anomalies du développement. Cette base de données devrait permettre à terme : (1) d’améliorer le diagnostic(2) de mettre en évidence de nouveaux gènes utiles au développement.

Réalisations 2013 à 2015

2011-2014 : Construction de la base de données / accord de la CNIL pour une utilisation de type client/serveur sans partage de données identifiantes (stockage local des données sensibles). Le développement du logiciel client qui devra être déployé au sein des CHU du Grand Ouest est actuellement en cours.

2015-2018 Développement d’HUGO-CNV 3.0 en partenariat avec le laboratoire LIAS (Laboratoire d'Informatique et d'Automatique pour les Systèmes) en utilisant des technologies informatiques innovantes basées sur les ontologies. Cette refonte d’HUGO-CNV qui s’inscrit dans un projet de thèse d’Université, devrait permettre : (1) d’être élargie au-delà du Grand Ouest (projet financé, horizon 2017) (2) d’être interconnectée avec d’autres bases de variants.

Chiffres Clés :

HUGO-CNV c’est : 750 patients annotés phénotypiquement, 2714 CNV reconnus comme polymorphismes, 390 CNV de signification clinique inconnue et 108 CNV répertoriés comme pathogènes. La taille des CNV varient de 30 kpb (soit 10 fois la résolution de rendu minimum de l’analyse fixé à 400 kpb) à plusieurs Mpb (résolution cytogénétique).

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• THESAURUS (ex GRANTSCOPE)

Titre long : Réseau et plateforme d’études en traitement du signal des rythmes physiologiques au cours du développement en interrégion Grand Ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Nantes
Coordonnateur : Valérie COLLET-POIRIER
Email : Valerie.collet-poirier@chu-nantes.fr

Financement : AO GIRCI 2011

Missions

  • Optimiser le portail existant pour qu’il soit disponible à tous les domaines de compétences de la recherche biomédicale afin d’offrir un recensement le plus complet possible des AO et des AAP tout en étant accessible gratuitement à tous les CHU et les CH de l’interrégion.
  • Harmoniser la circulation de l’information.
  • Bénéficier d’un système documentaire exhaustif.

Réalisations 2013 à 2015

  • Collaboration avec le GIRCI Est pour améliorer le portail « Thésaurus des appels à projets ».
  • Création d'une page ergonomique et agréable dédiée à la consultation d'AO et d'AAP avec la présence des logos des GIRCI Est, Grand Ouest.
  • Création d'un moteur de recherche permettant de faire une recherche avancée en précisant la spécialité, le type de financement et en permettant de choisir des AO/AAP spécifiques à une région géographique (ex. Grand Ouest).
  • Amélioration de la base de données interactive recensant les AO/AAP de recherche clinique et translationnelle, ainsi que les bourses proposées aux investigateurs et les prix récompensant des travaux terminés. - Communication régionale de l’outil.
  • Instauration d’un club utilisateur (Grant Manager et Coordinateur d’études clinique du CHU de Nantes).
    ⇒ Près de 40 000 connections (entre le 9 mars 2012 au 9 septembre 2015)

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http://www.girci-est.fr/AAP/Index_thesaurus.php

• ELIPS PHARMA

Titre long : Outil de gestion des produits expérimentaux (médicaments, dispositifs médicaux, alicaments…)
Établissement coordonnateur : CHU de Nantes
Responsable : Laurent FLET
Email : laurent.flet@chu-nantes.fr
Animateur : Maxime PARE

Financement : AO GIRCI 2011

Missions

Poursuivre le déploiement de l'application ELIPS'Pharma, logiciel de gestion pharmaceutique des essais cliniques, propriété du CHU de Nantes et mis à disposition à titre gracieux par le biais d’une mise en open source. Il a initialement été financé par le CeNGEPS (2009), puis par le CHU de Nantes et le GIRCI GO (AAP 2011).

Réalisations 2013 à 2015

La version 1 de l’application mise en production en octobre 2011 est actuellement déployée aux CHU de Nantes, CHU de Poitiers, CHU de Besançon, CHU de Rouen, CHU de Caen, AP-HP Hôpital Cochin, CHU de Strasbourg (mai 2015) et Hospices Civils de Lyon (mai 2015). D'autres établissements ont prévu de s'équiper prochainement. Dans le cadre de l'AAP 2011, ELIPS'Pharma a été installé au CHU d’Angers (2014), au CH du Mans (mai 2015) et au CHR Orléans (été 2015). Le déploiement au CHU de Rennes est programmé pour l'année 2016. De plus, l'AAP 2011 a soutenu le développement de la version 2 de l'application, dont le marché a été notifié.

Par ailleurs, une interface avec le logiciel EASYDORE est en cours de développement. Elle est destinée à éviter les ressaisies des données administratives des études et, dans un second temps, à permettre à EASYDORE de colliger les données d’activité de la gestion des produits expérimentaux, dans un but de facturation des surcoûts pharmaceutiques. Enfin, un univers Business Object autour d’ELIPS’ et un pont avec le logiciel d’un stockeur rotatif sont envisagés à moyen terme.

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• EASYDORE

Titre long : logiciel complet de gestion technico-administrative et financière de la recherche
Établissement coordonnateur : CHU de Nantes
Responsable : Marie LEBIGRE
Email : Marie.lebigre@chu-nantes.fr

Missions

Le logiciel Easydore®, propriété du CHU de Nantes : - est un logiciel de gestion quotidienne unique développé pour la DRCI du CHU de Nantes - assure la gestion du personnel recherche, des financements, le suivi administratif et réglementaire de tous les types d’études, de programmes, de plateformes, de structures… La mission de ce projet est de déployer le logiciel Easydore® sur les autres CHU de l’interrégion en assurant une coordination générale du projet et en mettant à disposition un cadre contractuel (marché) et un prestataire compétent.

Réalisations 2013 à 2015

  • Constitution d’un groupement de commande et d’un marché dont le titulaire est la société Netapsys Atlantique, permettant à chaque établissement de commander de façon simple le déploiement, la reprise de l’existant, la maintenance, des formations, et, si besoin, des évolutions spécifiques
  • Formations par le CHU de Nantes de chefs de projet dans chaque établissement
  • Économie sur les coûts de licence et de maintenance par l’achat groupé
    • Déploiement d’Easydore® achevé au CHU de Rennes, Tours, Angers et Poitiers et en cours au CHU de Brest
    • Par ailleurs, diffusion nationale de l’outil et instauration d’un club utilisateur depuis 2014.

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• e-RADIOPHAR

Titre long : Bases de données spécifiques aux radiopharmaceutiques expérimentaux utilisable sous forme d'e-CRF pour les études cliniques de médecine nucléaire
Établissement coordonateur : CHU Nantes
Responsable : Alain FAIVRE-CHAUVET
Email : afaivre@nantes.inserm.fr

Financement : AAP GIRCI 2015

Objectifs

La filière des radiopharmaceutiques évolue dans un environnement régional d’excellence avec une reconnaissance par la réussite à des AO structurants dont la finalité de ces projets est le développement de radiopharmaceutiques innovants et leur transfert en clinique pour le diagnostic par imagerie moléculaire (TEP: tomographie par émission de positons) en neurologie et en oncologie, et pour la thérapie du cancer par radiothérapie moléculaire (Labex IRON, DHU Oncogreffe, Equipex ARRONAX PLUS…)
L’objectif du projet est de mettre en place un outil de référence pour la réalisation de radiopharmaceutiques utilisés dans les essais cliniques de médecine nucléaire en encadrant et sécurisant les calculs et les préparations, en suivant, traçant les interventions, en collectant les informations patients, et en effectuant un contrôle qualité.

Répondra aux caractéristiques suivantes :
Outil collaboratif : tous les utilisateurs travailleront sur une même base de données ;
Outil accessible : en s’appuyant sur les technologies du Web, l’application pourra être utilisée depuis les établissements du GIRCI GO mais aussi depuis les centres associés ;
Outil sécurisé : l’accès à l’application se fera via une authentification sécurisée et un système d’audit-trail permettant de tracer les opérations effectuées.

Le logiciel développé sera innovant et valorisable au niveau national et international.

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• REGOVAR

Titre long : Réseau Grand-Ouest pour l’Interprétation des Variants Génétique Rares
Établissement coordonateur : CHU Angers
Responsables : Professeur Dominique BONNEAU
Email : dobonneau@chu-angers.fr

Financement : AAP GIRCI 2015

Objectifs

Le séquençage à haut débit est une technique de référence pour l'identification de nouveaux gènes candidats. Le développement d’un logiciel permettra l’analyse des quantités grandissantes de variations génétiques mises en évidence par le séquençage à haut débit. Il s’agit de s’adapter aux besoins spécifiques des équipes de recherche. Le logiciel aura une double utilisation soin/diagnostique et recherche et permettra l’harmonisation des pratiques.

Diaporama de présentation :

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